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Como professor, ocupou a cadeira de Fisiologia, Anatomia, Fisiologia Patológica e Patologia Geral que assumiu de 1894 a 1895, através da apresentação da tese “Imunidade mórbida”, passagem que o prepararia para construir uma carreira voltada para estudos no campo da microbiologia.
Em 1899, Gonçalo Moniz foi nomeado pelo Governo Estadual para montar e dirigir o Gabinete de Análise e Pesquisas Bacterilógicas, voltado para a verificação de obtidos e controle das doenças infecto-contagiosas de caráter epidêmico.
Essa atividade o levaria a publicar vários estudos e observações sobre a peste bubônica, tais como, “Considerações sobre a peste bubônica” de 1899 e “Relatório sobre as pesquisas bacteriológicas em um caso suspeito de peste”, um trabalho realizado com Lydio de Mesquita de quem foi colaborador no Instituto Bacteriológico. Soroterápico e Vaccionogênico, depois foi chamado de Instituto Oswaldo Cruz e mais tarde, em sua homenagem, Fundação Gonçalo Moniz.
Seu trabalho dirigido ao controle da peste bubônica na Bahia o levaria ao Instituto de Manguinhos a fim de estudar a preparação da vacina anti-pestosa e do soro Yersin, resultando desse investimento científico várias publicações.
Dedicou-se também ao estudo da tuberculose, publicando vários trabalhos sobre observações da doença.
Gonçalo Moniz faleceu em 1939.
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