• Pre-vácuo. Criam-se condições de pressões negativas de forma que, na fase seguinte, o vapor entre mais facilmente em contacto com os materiais a serem esterilizados.
  
• Admissão de vapor. Introdução de vapor na autoclave, seguido do aumento gradual da pressão, de forma a criar condições para o contacto entre a água superaquecida e os materiais, e para facilitar sua penetração nos invólucros, dando acesso a todas as superfícies.
• Esterilização. Manutenção de temperaturas e pressões elevadas durante determinado período de tempo, ou seja, até se concluir o processo. De acordo com a carga, o especialista define o tempo e a temperatura de cada ciclo.
  
• Exaustão lenta. Libertação gradual do vapor que passa por um filtro com poros finos o suficiente para evitar a passagem de qualquer microrganismo para o exterior da autoclave, e permitir a diminuição gradual da pressão até que seja atingida uma atmosfera.
  
• Arrefecimento da carga. Arrefecimento da carga até uma temperatura que permita a retirada dos materiais da autoclave.
  
• Descarte do condensado. A utilização do vapor na autoclavagem dá origem à formação de um efluente que deverá ser descarregado numa estação de tratamento e liberado como um efluente doméstico.

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