Iniciou seus estudos de medicina na Bahia, formando-se em 1903 pela Faculdade Nacional de Medicina do Rio de Janeiro.

Godoy ingressou no Instituto Oswaldo Cruz em 1903, tendo sido um dos dedicados colaboradores de Oswaldo Cruz.

Em 1906, descobriu a vacina contra o "carbúnculo sintomático", vulgarmente conhecida como peste da manqueira.

Godoy faleceu no Rio de Janeiro em 30 de janeiro de 1950.