Ingressou em 1921 na Faculdade de Medicina do Rio de Janeiro, realizando seu período de internato no Hospital Oswaldo Cruz - rebatizado mais tarde com seu nome - e no Hospital São Francisco de Assis. Os orientadores eram Carlos Chagas e Eurico Villela. Ao se formar em 1926, assumiu a chefia do Serviço de Radiologia e Eletrocardiograma e de uma enfermaria do Hospital de Manguinhos.
Com a nomeação de seu pai para a cátedra de medicina tropical da Faculdade de Medicina do Rio de Janeiro, Evandro Chagas passou a assistente desta cadeira. Nesta época, preparou sua tese de livre-docência: "Forma cardíaca da tripanossomíase americana". Em 1930, tornou-se chefe da Secção de Patologia Humana.
Evandro Chagas desenvolveu importantes trabalhos sobre febre amarela, malária, ancilostomose, o beriberi, leishmaniose visceral americana, descobrindo os primeiros casos humanos dessa última e ainda a pesquisou nos estados do Amazonas, Pará, Piauí, Ceará, Pernambuco, Alagoas, Santa Catarina, Rio Grande do Sul e no Chaco Argentino e, principalmente a miocardite provocada pelo Trypanosoma cruzi.
Evandro era um profundo conhecedor de radiologia e eletrocardiografia, exerceu a clínica especializada no Rio de Janeiro, sendo um dos primeiros a fazer exame complementar eletrocardiográfico.
Como diretor do Hospital Oswaldo Cruz, criou uma seção móvel de pesquisa aplicada às grandes endemias nacionais para a qual organizou e instalou, em 1936, o Instituto de Patologia Experimental do Norte (Ipen), em Belém do Pará. Este Instituto funcionaria como uma filial do Instituto Oswaldo Cruz, recebendo financiamento de Guilherme Guinle.
Realizou em conjunto com a Delegacia Federal de Saúde da 2ª Região, o levantamento epidemiológico da malária no vale do Amazonas, sobre o qual se apoiaria a campanha federal de saneamento. O Serviço de Estudos de Grandes Endemias teve grande progresso.
Faleceu prematuramente, a 8 de novembro em 1940, vítima de acidente aéreo no Rio de Janeiro, deixando 54 trabalhos publicados.
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