Para cumprir um dos seus objetivos que é promover a interdisciplinaridade a partir do desenvolvimento de projetos educativos e de expressão artística, a Olimpíada Brasileira de Saúde e Meio Ambiente se divide em 3 modalidades de trabalho - Produção Audiovisual, Elaboração de Texto e Projeto de Ciências.
Alguns fatores são levados em consideração no momento em que os trabalhos inscritos passam pelas avaliações. São eles: originalidade e criatividade; relevância/contextualização da proposta; clareza dos objetivos; resultados alcançados dentro e fora da escola; entre outros.
É importante observar o fato de que a modalidade Arte e Ciência foi substituída pela Produção Audiovisual, a partir desta 5ª edição. O principal motivo da mudança foi a crescente opção por vídeos na antiga modalidade. O fator-chave da tranformação foi a dificuldade de relacionar algo munido de uma racionalidade (ciência) a alguma coisa extremamente abstrata (arte) e ainda tentar alocar em uma escala de valor trabalhos tão diversos entre si.