Instituição associada é a Instituição museal que adere ao OMCC como beneficiária dos serviços oferecidos. A direção da instituição associada designará um representante responsável pela condução das pesquisas e demais atividades do OMCC na instituição.
Atualmente o OMCC conta com as seguintes instituições associadas:
Rio de Janeiro
Museu de Astronomia e Ciências Afins
Museu do Universo - Planetário da Cidade do Rio de Janeiro
Museu de Arte Contemporânea de Niterói
Museus Castro Maya – Açude e Chácara do Céu
Museu da Maré
Espírito Santo
Museu de Biologia Mello Leitão
Minas Gerais
Museu de Artes e Ofícios de Belo Horizonte
Museu de Mineralogia Djalma Guimarães
Museu Histórico Abílio Barreto.
Museu de História Natural do Jardim Botânico
Rio Grande do Sul
Museu Militar do Comando Militar do Sul
São Paulo
Pinacoteca do Estado de São Paulo
Museu de Arte Moderna de São Paulo
Museu Histórico e Pedagógico Índia Vanuire de Tupã
Museu da Bolsa do Café de Santos
Museu de Etnologia e Arqueologia da USP