O Observatório de Museus e Centros Culturais é uma estrutura interinstitucional, mantida e coordenada, em parceria, pelas instituições que compõem o conselho deliberativo. O OMCC é composto por um Conselho Deliberativo, uma Coordenação, um Coordenador, um Comitê consultivo, um Comitê técnico científico, uma Equipe técnica, Núcleos regionais, Gerentes de núcleo, Colaboradores e instituições associadas.

Conselho Deliberativo (CD): constitui instância deliberativa do OMCC, composta por representantes das Instituições Mantenedoras com direito a um voto por instituição. Atualmente fazem parte do Conselho Deliberativo:

Coordenação: constitui instância executiva composta por profissionais das instituições mantenedoras, membros da equipe técnica e colaboradores.

Coordenador: representante das instituições mantenedoras, escolhido pelo CD, responsável pela gestão do Observatório de Museus e Centros Culturais.

Equipe técnica: composta por profissionais, estudantes e especialistas da área, indicados pela coordenação e sob sua responsabilidade, para desenvolver ações de natureza executiva, remuneradas ou não, referentes às pesquisas e atividades do OMCC.
 
Núcleo regional, estadual ou municipal: composto por instituição parceira que compartilha a responsabilidade de implantar as atividades do OMCC em outro Estado ou Município brasileiro. São frutos de parcerias voltadas para a implantação das pesquisas do OMCC em outros estados, cidades, regiões. As instituições que compõem o núcleo regional deverão indicar um  gerente. Atualmente existem dois núcleos regionais:

Colaborador: profissional de áreas afins às atividades do OMCC que poderá contribuir de forma relevante, não-remunerada, para o desenvolvimento das ações do Observatório.