Capacitação em dose dupla
Análises de transcriptômicas por meio de ferramentas de bioinformática e sinalização bacteriana foram destaques de cursos internacionais promovidos pelo IOC, que reuniram mais de 50 participantes
Com a realização de dois cursos internacionais, o Instituto Oswaldo Cruz (IOC/Fiocruz) capacitou recentemente mais de 50 pessoas, entre estudantes de pós-graduação, pós-doutorandos e pesquisadores. Uma das iniciativas abordou as análises transcriptômicas por ferramentas de bioinformática. Já os mecanismos envolvidos na resposta de bactérias a diversos estímulos foram tema do segundo curso. As atividades teóricas e práticas, que contaram com a participação de renomados pesquisadores, foram realizadas no campus da Fiocruz, no Rio de Janeiro.
O ‘Curso Internacional em Análise Bioinformática de Dados de RNA-Seq’, promovido por meio dos Programas de Pós-graduação Stricto sensu em Biologia Computacional e Sistemas e Biologia Celular e Molecular do IOC, permitiu a realização de análises transcriptômicas com as principais ferramentas de bioinformática aplicadas a dados de RNA-Seq. A abordagem recentemente desenvolvida permite analisar o perfil de transcriptoma, conjunto completo de transcritos (ácidos ribonucleicos − RNAs) em uma célula. “Desenvolvemos toda a parte conceitual e prática das análises. É extremamente importante que alunos e pesquisadores tornem-se usuários conscientes dos métodos e das ferramentas de Bioinformática e sejam capazes de planejar e executar seus experimentos in silico, bem como interpretá-los, da mesma forma que o fazem no que chamamos de ‘bancada molhada’, ou seja, em suas pesquisas realizadas com modelos in vitro ou in vivo”, destacou o pesquisador Marcos Catanho, do Laboratório de Genômica Funcional e Bioinformática do IOC, coordenador da iniciativa. Participaram das atividades alunos de mestrado e doutorado e pós-doutorandos do IOC, de outras Unidades da Fiocruz, e de instituições como a Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG), o Instituto Nacional de Câncer (INCA) e o Hospital Universitário Gaffreé e Guinle (UNIRIO).
O método de sequenciamento em larga-escala de RNAs célula-específico (single‐cell RNA‐Seq) surgiu recentemente como uma forma de estudar processos biológicos complexos, heterogeneidade celular e diversidade, especialmente nos campos de biologia celular e neurociência. A tecnologia de sequenciamento de alta vasão pode contribuir para avanços em estudos científicos de diferentes áreas do conhecimento, como na investigação de variantes causais de doenças complexas como câncer. Com atividades teóricas e práticas, o curso abordou desde o controle de qualidade das sequências obtidas, mapeamento e montagem de transcritomas, às análises de expressão diferencial de genes e análise funcional de genes diferencialmente expressos, empregando os métodos e ferramentas estatísticas necessários para a interpretação dos resultados.
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Gutemberg Brito/IOC/Fiocruz |
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O método de sequenciamento em larga-escala de RNAs célula-específico surgiu como uma forma de estudar processos biológicos complexos |
As aulas foram ministradas pelos pesquisadores Fernando Alvarez-Valín e Hector Romero, da University of the Republic of Uruguay (UdelaR), e Marcos Catanho, do IOC. Os participantes elaboraram experimentos, realizaram análises e interpretações dos resultados utilizando dados de RNA-Seq disponíveis em bancos de dados públicos. No encerramento das atividades, em um espaço aberto à troca de experiências, os alunos esclareceram dúvidas e compartilharam informações sobre seus projetos de pesquisa. “Essa dinâmica foi particularmente frutífera, porque pudemos vislumbrar a gama e diversidade de pesquisas realizadas na instituição, e também fora dela, sobretudo na UFRJ, que claramente podem beneficiar-se de análises transcritômicas, bem como contribuir diretamente para o desenvolvimento destas pesquisas, com nosso conhecimento e experiência em bioinformática”, ressaltou Marcos.
A programação contou ainda com palestras abertas ao público sobre projetos de pesquisa baseados em análises computacionais de dados de RNA-Seq. O pesquisador Héctor Romero apresentou o tema ‘Origem do sexo e o mundo viral’, Fernando Alvarez-Valín abordou a ‘Resposta genética à lesão da medula espinhal’, já Rafael Dias Mesquita, do Instituto de Química da Universidade Federal do Rio de Janeiro, apresentou a palestra ‘Investigando um erro de rotulagem de amostra de transcriptômica’.
Sinalização bacteriana
O ‘Curso Internacional Microbial Signaling’, promovido pelo Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular do Instituto Oswaldo Cruz (IOC/Fiocruz), com o apoio da Vice-Presidência de Educação, Informação e Comunicação (VPEIC) da Fiocruz, discutiu os mecanismos envolvidos na resposta bacteriana aos estímulos considerados fundamentais para a adaptação e sobrevivência das células.
Coordenador do curso, Caetano Antunes, pesquisador do Centro de Referência Professor Hélio Fraga, da Escola Nacional de Saúde Pública Sergio Arouca (ENSP/Fiocruz), destacou a participação da pesquisadora Josephine Chandler, professora da Universidade do Kansas, nos Estados Unidos. “Chandler é formada em um laboratório que descreveu um dos fenômenos de sinalização em bactérias, além de desenvolver estudos interessantíssimos nessa área. Os alunos apresentaram seminários em inglês e interagiram diretamente com a pesquisadora. Percebemos que eles responderam muito bem a essa dinâmica e que foi um processo muito valioso para o aprendizado”, destacou Caetano.
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Divulgação |
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Atividades destacaram mecanismos envolvidos na resposta bacteriana aos estímulos considerados fundamentais para a adaptação e sobrevivência das células |
Bactérias detectam e respondem a estímulos provenientes de seu ambiente o tempo todo. Os sinais detectados podem ser nutrientes, compostos tóxicos, moléculas mensageiras produzidas por células vizinhas ou antibióticos, por exemplo. A especialista tem atuado com destaque em estudos sobre quorum sensing em Pseudomonas e bactérias correlatas, desenvolvendo estudos sobre os mecanismos moleculares envolvidos no fenômeno da comunicação bacteriana, assim como suas consequências para a biologia dos organismos estudados.
As pesquisadoras Rosana Ferreira, do Instituto de Microbiologia da Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ) e Josephine Chandler, da Universidade do Kansas (EUA), também integram a organização da iniciativa.
Reportagem: Lucas Rocha
08/05/2018
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